Герой, прославившийся более двадцати лет назад в игре Bionic Commandoобразца 1988 года, возвращается! Судьба безжалостно обошлась с НатаномСпенсером. Одержав тяжелую победу над врагами своего государства, оноказался не нужен собственному правительству. Более того, власти увидели в Натане угрозу и решили избавиться от него - воина обвинили впреступлениях, которых он не совершал, и приговорили к смерти. Так бы и погиб ветеран от рук палача, не появись на горизонте новаяугроза. Прямо в день казни Натана некая террористическая организацияатаковала город Эсеншн-сити (Ascension City). Используяэкспериментальное оружие массового поражения, экстремисты вызвалисильнейшее землетрясение, превратившее мегаполис в руины. Вдобавокпреступники установили контроль над городскими орудиями ПВО, лишиввласти возможности прислать войска по воздуху. В результатеправительству не осталось ничего, кроме как спешно амнистироватьпроверенного в боях коммандос и заслать его в неприятельский тыл!